裁判要旨：用人单位与劳动者协商一致变更劳动合同，虽未采用书面形式，但已经实际履行了口头变更的劳动合同超过一个月，变更后的劳动合同内容不违反法律、行政法规且不违背公序良俗，劳动者以未采用书面形式为由主张劳动合同变更无效的，人民法院不予支持。
案情简介：
杜某于2021年8月9日入职天津市某科技发展有限公司处，岗位玻璃钢车间工人，工作内容主要是拉胶、倒胶、辅助配胶、运输胶等。双方签订有书面劳动合同，约定合同期限自2021年8月12日起至2022年8月31日止，实行标准工时工作制度，加班按天津市最低工资标准支付。
2021年9月18日，公司工作人员将《同意适用综合工时工作制意见书》发布在工作群中，并标注“签字确认，有不明白的可打电话咨询”，杜某未提出反对意见。
2021年9月23日，公司就企业不定时和综合计算工时工作制许可事项向相关部门提出申请。经审批，综合计算工时工作制岗位（以年为周期），操作岗18人，生产辅助岗7人，有效期自2021年9月24日至2023年9月23日。
2022年6月15日，因公司始终未给杜某发放夏季工服，杜某提交书面离职申请。
2022年6月17日，杜某离厂。
2022年6月23日，杜某向公司邮寄解除劳动合同通知书。
2022年6月25日，公司签收。
2022年11月18日，杜某作为申请人，以公司为被申请人，向天津市北辰区劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，请求裁决：1．要求支付2021年8月9日至2022年6月17日期间延时加班费37,125.24元（1116小时）；2．要求支付2021年8月9日至2022年6月17日期间休息日加班费10,396.8元（20天）。
2023年4月12日，该委裁决驳回申请人的仲裁请求。
杜某不服，起诉至天津市北辰区人民法院（以下简称一审法院）。
后双方又诉争至天津市第二中级人民法院（以下简称二审法院）。
庭审中，公司主张加班费均已包含在杜某计件工资内，不存在欠付的情况，并提交《计件员工薪资管理办法》的规定，载明“计件工资中包含着加班工资……当计件工资高于按照天津市最低工资标准计算的延时及公休日加班费时，按实际计件工资支付加班费；当计件工资低于按照天津市最低工资标准计算的延时及公休日加班费时，补充差额”。用以证明，公司已支付杜某加班费的事实。
杜某不认可其适用综合工时制度，主张同意适用综合工时工作制意见书的签字系应部门领导要求签字确认，认为即便其同意适用特殊工时制度，也不能替代双方签订的书面劳动合同。
裁判结果：
一审法院认为，双方在本案中争议的焦点是公司是否应当支付杜某加班费。杜某主张公司应支付其2021年8月9日至2022年6月17日期间的延时加班费及休息日加班费，公司主张加班费均已包含在杜某计件工资内，不存在欠付的情况。法院认为，根据劳动合同的约定，双方合同期限自2021年8月12日起至2022年8月31日止，实行标准工时工作制度，加班按天津市最低工资标准支付。后，公司就工时制度提起行政审批申请，经审批，综合计算工时工作制岗位（以年为周期），有效期自2021年9月24日至2023年9月23日，并主张杜某适用综合计算工时制度。杜某不认可其适用综合工时制度，主张同意适用综合工时工作制意见书的签字系应部门领导要求签字确认，认为即便其同意适用特殊工时制度，也不能替代双方签订的书面劳动合同。法院认为，根据杜某提交的微信聊天记录可见，公司工作人员于2021年9月18日将该意见书发布在工作群中，并标注“签字确认，有不明白的可打电话咨询”，杜某清楚该意见书的内容，且未提出反对意见，故对杜某其不适用综合计算工时工作制的意见，法院不予支持。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条的规定，用人单位与劳动者协商一致变更劳动合同，虽未采用书面形式，但已经实际履行了口头变更的劳动合同超过一个月，变更后的劳动合同内容不违反法律、行政法规且不违背公序良俗，当事人以未采用书面形式为由主张劳动合同变更无效的，人民法院不予支持。本案中，公司就综合计算工时已征求杜某意见且获得相关行政审批，该内容不违反法律、行政法规且不违背公序良俗。故对杜某2021年9月24日至2022年6月17日期间休息日加班费的主张，法院不予支持。对于该期间延时加班费，该期间杜某共计工作2151.5小时，该年度杜某工作时长不应超过2080小时，对于超过部分，杜某工资中已包含加班工资的部分，经核算，未低于天津市最低工资标准，故对杜某2021年9月24日至2022年6月17日期间延时加班费的主张，法院不予支持。对于2021年8月9日至2021年9月23日期间的加班费，根据公司《计件员工薪资管理办法》的规定，可见，“计件工资中包含着加班工资……当计件工资高于按照天津市最低工资标准计算的延时及公休日加班费时，按实际计件工资支付加班费；当计件工资低于按照天津市最低工资标准计算的延时及公休日加班费时，补充差额”。经核算，杜某该期间的加班费标准未低于天津市最低工资标准，故对杜某2021年8月9日至2021年9月23日期间加班费的主张，法院不予支持。
二审法院认为，关于加班费一节，杜某系计件工，2021年8月9日至2021年9月23日期间，公司向其发放的加班费标准未低于天津市最低工资标准，并未违反双方合同约定和公司《计件员工薪资管理办法》的规定，亦未违反相关劳动法律法规，杜某主张该期间加班费于法无据，法院不予支持。经有关部门审批，公司综合计算工时工作制岗位有效期自2021年9月24日至2023年9月23日，且杜某已知晓双方适用和实际履行综合计算工时工作制，故一审认定杜某在2021年9月24日至2022年6月17日期间实行综合工时制，对其支付该期间休息日加班费的主张未予支持，并无不当。经核算，公司向杜某支付的该期间工资中已经包含延时加班费，对杜某该主张亦不予支持。